لا تُسبب جلطة الوريد البابيّ الوفاة في حدّ ذاتها في الغالب، ولكن في حال التأخر في اكتشافها وعلاجها فإنّها قد تؤدي إلى تطوّر عدد من المضاعفات الصحيّة الخطيرة، وهو ما يرفع بدوره خطر الوفاة خلال عدّة سنوات في حال عدم السيطرة على هذه المضاعفات بشكلٍ فعّال.
وفي المقابل فإنّ جلطة الوريد البابيّ تتطوّر في العديد من الحالات كأحد المضاعفات الصحيّة للمراحل المتقدمة من بعض أمراض الكبد مثل تشمع الكبد، وبعض الاضطرابات الصحيّة الأخرى، وهو ما قد يؤدي إلى انخفاض معدّل حياة الشخص المصاب في بعض الحالات، ولا داعي للقلق ففي العديد الحالات يمكن السيطرة على جلطة الوريد البابيّ ومضاعفاتها بشكلٍ كبير خصوصًا في حال الكشف المبكّر عنها.