بشكل عام لا يوجد وقت محدد لإجراء فحص البول وخصوصًا في الحالات الطارئة، ولكن من خلال بحثي وجدت أن بعض الدراسات تقول بأن أفضل وقت لإجراء فحص البول هو في الصباح الباكر، لأن تراكيز البكتيريا والمسببات المرضية الأخرى تكون في أعلى نسبة في الصباح؛ أي عند أول مرة تحتاج فيها إلى التبول في اليوم.
ولكن برأيي في مثل حالتك وبما أن ألمك شديد يمكنك إجراء الفحص في أقرب وقت لمعرفة السبب وتلقي العلاج المناسب للتخلص من الألم، وتأكد قبل إجراء الفحص من شرب كمية كافية من السوائل لتتمكن من إعطاء عينة مناسبة لإجراء التحليل، ومن الضروري المحافظة على نظافة اليدين والمنطقة الحساسة وغسلهما قبل وبعد إجراء التحليل لأن أي تلوث يصيب عينة البول قد يؤثر في نتيجة الفحص.