يسبب العلاج بالميزوثيرابي ضررًا في الكبد لدى الأشخاص الذي يعانون من مشاكل في الكبد أو خلل في وظائف الكبد، فحقن الميزوثيرابي قد تحتوي على بعض الدهون الذائبة والسموم والذي يقوم الكبد بالوضع الطبيعي بتصفيتها، وذلك يزيد العبء على الكبد المختل مما قد يؤدي إلى تلف الكبد أو تسممه، فلا ينصح الأشخاص الذين يعانون من مشاكل في الكبد بالحصول على علاج الميزوثيرابي.
أما بالنسبة للأعراض الأخرى الذي قد يسببها الميزوثيرابي مثل؛ الغثيان، والألم، والتحسس، وانتفاخ واحمرار وحكة في مكان الحقن، والبقع الداكنة في الجلد، والجروح، وعدوى أو التهاب، وتكون هذه الأعراض بالحد الأدنى إذا كان خبير الميزوثيرابي مدربًا بطريقة جيدة، وتختفي الأعراض خلال أيام من الإجراء.