دعاء الاستخارة يكون عادة بعد صلاة الاستخارة، تحديدًا بعد التسليم من ركعتي الاستخارة ولا بأس في قراءته من الهاتف أو من ورقة، وإن كان يُفضّل أن يكون الدعاء عن ظهر غيب، إذ يُسن أن يرفع المُستخير يديه أثناء الدعاء.
وكما يجوز قراءة دعاء الاستخارة عند الحاجة من غير صلاة، فهو سؤال لله -عزّ وجلّ- أن ييسر لنا ما فيه الخير ورضاه، ودعاء الله -عزّ وجلّ- أمر يسير حتى أنّه لا تُشترطُ له صيغ محددة لا يتم الدعاء بدونها، فعلاقة العبد بربه وسؤاله ودعاؤه ليس فيها شروط معقدة.